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加拿大日本无线码2021免费家利用云计算平台发现新型RNA病毒

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加拿大日本无线码2021免费家开发出开源、免费的云计算平台“Serratus”,能够进行PB级别的序列比对,目前已经检测到超过10万种新型病毒,其中有9种冠状病毒和300多种与丁型肝炎病毒相关的病毒,并鉴定出了超过105个新型RNA病毒。相关成果于126日发表于《自然》杂志。

基于云的计算工具为新病毒检测提供了强大工具。目前的公开数据库比如“序列片段归档”(Sequence Read Archive,SRA)上有PB级别的序列,并且可以自由访问。研究人员将这些信息镜像上传至Serratus平台,并利用Serratus对超过短序列数据集进行分析。这些数据集包含过去13年来七大洲四大洋研究过的所有动物。

为了鉴定含有与病毒相关序列的文库,研究者筛选了3,837,755个公共RNA-seq、meta-genome、meta-transcriptomemeta-virome数据集并与所有的冠状病毒以及脊椎动物病毒序列进行对比,之后与所有的RNA依赖RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRP)序列进行比对,鉴定出了已知的15,016sOTU131,957个未知sOTU。研究人员尝试利用Serratus在已有的数据集中挖掘冠状病毒,发现了70sOTU,其中44个已经被报道,17个含有部分RdRP,9个为新型冠状病毒。

这一研究成果扩展了人类对于病毒的认识,有助于预测并预防未来的病毒大流行。

信息来源:

https://phys.org/news/2022-01-team-coronavirus-species.html

https://www.nature.com/articles/s41586-021-04332-2

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