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新算法可早期检测废水中新冠病毒变异株

作者: 2022-07-18 12:24 来源:科技日报 张佳欣
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  据近日发表在《自然》杂志上的论文,美国加州大学圣地亚哥分:退箍死账寡芯克峡⒘艘恢置癋reyja”的算法,用于在早期检测废水中的新冠病毒变异株,只需两茶匙未经处理的污水,就可准确测定新冠病毒变异株。

  斯克利普斯研究所研究人员开发了一个“条形码”库,可根据每个变异株特有的短RNA片段来识别新冠病毒变异株,并编写了一种新算法,通过筛选废水中的大量遗传信息来匹配这些条形码。由此生成的免费程序Freyja,已经被美国公共卫生机构广泛用于废水监测。

  研究人员表示,在实验室对废水样本进行测序后,只需运行Freyja,20秒就可得到结果。当研究人员将Freyja应用于废水样本并将结果与圣地亚哥市的临床数据进行比较时,他们发现该工具在临床报告前14天就在废水中检测出了“值得关切的变异株”,包括阿尔法、德尔塔和奥密克戎变异株。

  2021年7月27日,研究人员在加州大学圣地亚哥分校的废水中检测到缪变异株9(B.1.621),这是在校园首次临床检测的4周前检测出来的。同年11月27日,该团队还在圣地亚哥首次临床报告前11天检测到废水中的奥密克戎变异株。

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